在司法保障方面，中国对侵犯公民宗教信仰自由权利的行为有明确的惩处规定。如《刑法》第二百五十一条规定：“国家机关工作人员非法剥夺公民的宗教信仰自由和侵犯少数民族风俗习惯，情节严重的，处二年以下有期徒刑或者拘役。”人民检察院也在《直接受理的侵犯公民民主权利、人身权利和渎职案件立案标准的决定》中规定，对国家工作人员非法剥夺他人正当的宗教信仰自由，如干涉他人正常的宗教活动或者强迫教徒退教，强迫公民信教或信某一教派，情节恶劣，后果严重，影响很坏的行为，以及非法封闭或捣毁合法宗教场所及其他宗教设施的行为等，应予立案。在进入2000年来，中国司法部门依法审理了若干起违反国家有关法律、严重伤害教徒宗教感情的案件，对责任者予以惩处。

在行政保障方面，中国各级政府设立了宗教事务部门，对有关宗教的法律、法规的贯彻实施进行行政管理和监督，具体落实和执行宗教信仰自由政策。政府宗教事务部门不干涉宗教团体和宗教活动场所的内部事务。

与世界上一些国家一样，中国的宗教团体和宗教活动场所需依法向政府履行登记手续。宗教活动场所申请登记应具备基本的条件：有固定的处所和名称；有经常参加宗教活动的信教公民；有信教公民组成的管理组织；有主持宗教活动的宗教教职人员或符合各宗教规定的人员；有管理规章；有合法的经济收入。对不完全具备设立条件或在管理上存在一些突出问题的宗教活动场所，政府部门予以暂缓登记或临时登记。对那些不具备登记条件的，如非法占用土地，违反城市规划法规，私自建立宗教设施的；假冒宗教教职人员擅自设立的；打着宗教的招牌，进行“驱魔赶鬼”等迷信活动的处所等，政府部门则不准予登记。宗教活动场所一经依法登记，便获取合法地位，其合法权益受到保护；遇有侵犯其权益的行为，宗教活动场所管理组织有权向政府有关行政机关申诉，直至向人民法院起诉，寻求行政和法律保护。对基督教教徒按照宗教习惯，在自己家里举行以亲友为主参加的祷告、读经等宗教活动（中国基督教习惯称之为“家庭聚会”），不要求登记。

作为人民行使权力的机关的中国各级人民代表大会，以及在国家政治生活、社会生活中有重要作用的政治协商会议，对宗教信仰自由政策和法律规定的贯彻执行情况实施监督。在各级人民代表大会、政治协商会议中，有近1.7万名宗教界人士担任代表、委员。他们代表宗教界在人大、政协会议上参与国家大事和社会重要问题的讨论，并就政府涉及宗教的工作提出意见、建议、批评或议案、提案。仅1993年至1996年，国务院宗教事务局办复全国人大代表建议和全国政协提案就达50余件。